Þátttaka Isavia í alþjóðasamstarfi er mikil. Þetta stafar að hluta af því að meginhluti þess loftrýmis sem Isavia hefur verið falin umsjón með tilheyrir ýmist öðrum þjóðum (Grænlandi og Færeyjum) eða liggur yfir úthafi og er stjórnað í umboði ICAO. Einnig er nauðsynlegt að fylgjast grannt með straumum og stefnum því framfarir í flugleiðsögu eru örar. Oftar en ekki nýtist sérþekking okkar öðrum ekki síður en þeirra þekking nýtist okkur.
Skipta má alþjóðasamstarfi Isavia í nokkra flokka sem hér segir:
ALÞJÓÐAFLUGMÁLASTOFNUNIN (ICAO)
Eins og ofar getur er meginhluti þess loftrýmis sem Isavia þjónar utan íslenskrar lofthelgi. Þetta kallar á náið samstarf við ICAO. Samstarf við Joint-Finance Committee, sem annast umsjón með alþjóðasamningum um þjónustuveitinguna, er sérstaklega mikið og eru nokkrir fundir haldnir á ári. Isavia hefur einnig verið Samgöngustofu innan handar á fundum ICAO General Assembly.
Auk starfa á vettvangi ICAO í Montreal hefur Isavia veigamiklu hlutverki að gegna innan NAT/SPG en sá hópur sér um skipulag og eftirlit (Regional Planning) innan NAT svæðis ICAO. Undanfarin ár hefur starfi hópsins verið skipt í tvö svið, annars vegar innleiðingu endurbóta undir NAT Implementation Planning Group (NAT/IMG) og hins vegar eftirlit með rekstri flugleiðsögukerfisins undir NAT Safety Oversight Group (NAT/SOG). Isavia starfar innan fyrri hópsins en í nánu samstarfi við Samgöngustofu sem starfar innan þess síðari. Báðir aðilar taka síðan þátt í starfi NAT/SPG.
Undir IMG starfa nokkrir hópar sérfræðinga. Þar má telja Procedures and Operations Group (POG); Technology and Interoperability Group (TIG), auk ýmissa starfshópa sem settir eru upp til að gegna ákveðnum tímabundnum verkefnum.
NORÐURLÖND OG AÐRIR NÁGRANNAR
Isavia er aðili að víðtæku samstarfi Norðurlandanna og annarra innan vébanda Borealis Alliance.
BOREALIS
Borealis Alliance er samstarf flugumferðarstjórna Norðurlanda, Eistlands, Lettlands, Írlands og Bretlands. Markmið Borealis Alliance er að auka samvinnu og styrk aðildarfyrirtækjanna í flugleiðsögu á alþjóðavettvangi og ná þannig fram hagræðingu og auknum áhrifum á framþróun í flugumferðarþjónustu.
CANSO
Í tengslum við þá þróun mála á heimsvísu að skipta upp þjónustuveitingu og eftirliti með stofnun fyrirtækja í kringum fyrri þáttinn myndaðist þörf fyrir vettvang þar sem þjónustuaðilarnir gætu ráðið ráðum sínum. Þessi vettvangur er nefndur Civil Air Navigation Services Organisation (CANSO).
ANNAÐ ALÞJÓÐASAMSTARF
Auk þess starfs innan ICAO sem nefnt er að ofan þá hafa starfsmenn Isavia tekið þátt í tæknivinnu ICAO að nokkru marki, bæði á vegum fyrirtækisins og einnig hefur einn starfsmanna Isavia setið sem fulltrúi alþjóðasamtaka flugumferðarstjóra í SASP (Separation and Airspace Safety Panel), einum af tæknihópum stofnunarinnar.
Fyrirtækið hefur einnig tekið þátt í fjöldamörgum tækniverkefnum sem unnin eru af öðrum alþjóðastofnunum. Meðal þeirra eru AIRE og CRISTAL. Þá hefur fyrirtækið tekið þátt í mótun næstu kynslóðar gagnasamskiptakerfa á vegum RTCA/EuroCAE.