Kögunarþjónusta (e. surveillance service) Isavia hefur hingað til verið veitt með ratsjám. Um tvenns konar tegundir af ratsjárkerfum er að ræða, annars vegar frumratsjá og hins vegar svarratsjá. Báðar mæla þær fjarlægð og horn til flugvélarinnar, en munurinn liggur í því að frumratsjáin nemur endurkast frá skrokki flugvélarinnar en svarratsjáin nemur útsendingu frá ratsjársvara sem er um borð í öllum flugvélum í borgaralegu flugi. Oft eru frumratsjár og svarratsjár sambyggðar og þannig fást bestu gæði ratsjármerkisins. Ekki er gerð krafa um frumratsjá til flugumferðarstjórnar í leiðarflugi.
Bygging og uppsetning á ratsjárstöðvum eru mjög fjármagnsfrek verkefni. Árið 1994 var gerð hagkvæmnisáætlun um að koma upp ratsjám á Grænlandi til að geta veitt ratsjárþjónustu í vesturhluta flugstjórnarsvæðisins. Það verkefni komst þó aldrei til framkvæmda og var meginástæðan sú að Flugmálastjórn Danmerkur og Alþjóðasamband flugfélaga (IATA) töldu að innan þess tíma sem ratsjárnar borguðu sig upp yrði búið að setja upp ADS-B kerfi á Grænlandi og það kerfi væri mun ódýrara. Hefðbundinn svarratsjárbúnaður kostar 150 til 400 milljónir króna (1,0 til 2,5 milljónir evra) eftir útfærslu, en yfirleitt er kostnaður vegna aðstæðna töluvert meiri en búnaðurinn sjálfur. Þetta á sérstaklega við þar sem oftast er reynt að koma ratsjánni upp á fjöll eða aðra staði þar sem sjónlínur eru óhindraðar.
Isavia fær merki frá sjö ratsjárstöðvum. Fimm þeirra eru staðsettar á Íslandi, nánar tiltekið við Keflavíkurflugvöll, á Miðnesheiði, á Stokksnesi við Hornafjörð, á Gunnólfsvíkurfjalli á Norðausturlandi og á Bolafjalli á Vestfjörðum. Ratsjáin á Keflavíkurflugvelli er rekin af Isavia en hinar stöðvarnar eru reknar af Landhelgisgæslunni sem sendir ratsjármerkið til Isavia. Frá árinu 1989 til ársins 2007 bárust Íslandi ratsjárgögn frá ratsjá á Sornfelli í Færeyjum sem rekin var af danska hernum. Þessi þjónusta var lögð af en í staðinn var byggð upp ratsjárþjónusta að nýju í Færeyjum á vegum Isavia í samstarfi með NAVIAIR (flugleiðsöguþjónustuveitandi í Danmörku). Isavia er einnig með aðgengi að ratsjá sem er staðsett í Sumburgh á Hjaltlandseyjum (e. Shetland Islands), sú ratsjá er rekin af breska flugleiðsögufyrirtækinu NATS.
Íslenska flugstjórnarsvæðið, svæðaskipting og ratsjárdrægi.
Græna línan á myndinni hér fyrir ofan sýnir mörk ratsjárþjónustusvæðisins sem nær frá Skotlandi í suðaustri til stranda Grænlands í norðvestri. Notkun ratsjánna á Íslandi og í Færeyjum við flugumferðarstjórn á þessu svæði á undanförnum árum og áratugum er einn af mikilvægustu hornsteinum í þjónustu Isavia við alþjóðaflugið og innan ratsjárdrægi berast staðsetningaupplýsingar frá öllum flugvélum á 5 til 12 sek. fresti frá einni eða fleiri ratsjám.
Utan ratsjárdrægis (norður- og vesturhluta íslenska svæðisins) er kögunarþjónusta huglæg og byggð á stöðumiðum sem berast frá flugvélunum þegar þær fara yfir hverjar heilar tíu gráður lengdar, og eða á ca. hálftíma fresti. Almenn leiðsaga farþegaþotna á úthafssvæðinu byggist á tregðuleiðsögukerfum flugvélanna sem eru leiðrétt með GPS. Minni flugvélar nota nær allar GPS en mögulegt er að fljúga yfir hafið um Færeyjar, Ísland og Grænland með aðstoð hefðbundinna staðsetningarvita.
Framtíð kögunarþjónustu Isavia byggist á ADS-B, nýrri kögunartækni sem veitir möguleika á útvíkkun og endurbótum á eftirliti við flugumferðarstjórn. Isavia ætlar að setja upp ADS-B jarðstöðvar í vesturhluta íslenska svæðisins þar sem enga ratsjárþjónustu er að finna í dag og þar með stórbæta kögunarþjónustu svæðisins. Í framtíðinni mun ADS-B tæknin væntanlega leysa ratsjárþjónustu af hólmi í öllu svæðinu einfaldlega af öryggis- og hagkvæmnisástæðum.
Aðalmarkmið ADS-B væðingar Isavia er að gera flugvélum kleift að njóta kosta hlutlægrar flugumferðstjórnar í stærri hluta íslenska flugumferðarsvæðisins á ódýrari hátt en áður hefur verið hægt. Með því að setja upp ADS-B jarðstöðvar í Grænlandi mun Isavia bjóða upp á samfellda kögunarþjónustu yfir Atlantshafið, svokallaða ADS-B „kögunarbrú“ (e. Surveillance Corridor). Innan kögunarbrúarinnar verður boðið upp á hlutlæga flugumferðarstjórn sem þýðir minni aðskilnað, styttri flugtíma og minni kostnað fyrir flugrekendur. Kögunarbrú Isavia má þannig líkja við brú yfir Atlantshafið.
Útbreiðslusvæði ADS-B kerfi Isavia mun skarast við kögunarþjónustu Kanada, Noregs og Skotlands. Þannig verður til samfellt þjónustusvæði yfir Norður-Atlantshafið, frá Evrópu og til Norður Ameríku. Sparnaði í eldsneytiseyðslu má ná með því að flugvélar geti flogið hagkvæmustu ferla og fengið leyfi til að hækka flugið eftir því sem þær léttast á leið sinni.
Áætlað ADS-B útbreiðslusvæði í gegnum flugstjórnarsvæði Isavia. Kögunarbrúin er afmörkuð af bláum línum frá Noregi í austri til Kanada í vestri.