Árið 2019 var sérstaklega viðburðaríkt hjá Isavia. Stöðugur vöxtur hafði verið í fjölda millilandafarþega frá árinu 2009 til 2018 – eða um ríflega fimmtung að meðaltali á ári. Dæmið snerist hratt við á síðasta ári, en þá fækkaði farþegum um 26%. Þann samdrátt má að stærstum hluta rekja til falls Wow Air í lok mars 2019 og kyrrsetningar á Boeing 737 MAX flugvélum Icelandair um svipað leyti.
Nýr forstjóri tók til starfa hjá félaginu á árinu 2019 og þeirri breytingu fylgdu breyttar áherslur. Skerpt var á starfseminni, með því að greina á milli þeirra ólíku starfsþátta sem reknir eru innan samstæðunnar og kalla nokkra nýja stjórnendur til verka. Á sama tíma var ráðist í breytingar á skipulagi Keflavíkurflugvallar með það að markmiði að færa þróun flugvallarins nær þörfum viðskiptavina ásamt því að auka mikilvægi þjónustuupplifunar í rekstri vallarins, bæði fyrir farþegana sjálfa og þau flugfélög sem nýta sér völlinn. Keflavíkurvöllur á í harðri samkeppni við erlenda velli og þarf því á öllu sínu að halda, ekki síst nú þegar harðnar á dalnum og alþjóðleg ferðaþjónusta er í uppnámi. Breytingarnar á vellinum og í fyrirtækinu í heild eru hannaðar til að auka viðnámsþróttinn í rekstrinum.
Í kjölfarið á falli Wow Air fyrir ári tóku við deilur um lagagrundvöll þess að stöðva flugvél vegna ógreiddra notendagjalda. Vélin sem um ræddi hafði verið í rekstri Wow Air en ekki í eign flugfélagsins. Héraðsdómari á Reykjanesi felldi úrskurð í málinu Isavia í óhag, án þess að fresta mætti réttaráhrifum þar til æðra dómsstig næði að fjalla um málið. Isavia hafði þar með ekki lengur tök á að halda flugvélinni og missti haldsréttinn á henni í lagadeilunni. Fyrri dómur Landsréttar í deilunni, sem þvert gegn dómi í héraði var Isavia í vil, náði af þessum sökum ekki fram að ganga. Isavia telur að úrskurður Héraðsdóms Reykjaness sé rangur og hefur því stefnt ríkissjóði vegna skaðabóta við óafturkræfa framkvæmd málsins, auk eiganda flugvélarinnar.