
Isavia innanlands
Nýtt dótturfélag, Isavia innanlands, sér um rekstur annarra íslenskra flugvalla en Keflavíkurflugvallar. Reksturinn er fjárhagslega ósjálfbær og grundvallast á samningi félagsins við samgöngu- og sveitastjórnarráðuneytið sem ákvarðar þjónustustig flugvallanna, rekstur og viðhald, enda um að ræða hluta af almenningssamgöngukerfi sem er í eigu ríkisins. Isavia innanlands rekur alþjóðaflugvellina: Reykjavíkurflugvöll, Akureyrarflugvöll og Egilsstaðaflugvöll. Auk þeirra eru níu lendingarstaðir fyrir reglubundið áætlunarflug innanlands. Félagið hefur einnig umsjón með 36 öðrum lendingarstöðum um land allt. Framkvæmdastjóri Isavia innanlands er Sigrún Björk Jakobsdóttir.

isavia ans
Nýtt dótturfélag, Isavia ANS, veitir flugleiðsöguþjónustu í innanlandsflugi og alþjóðaflugi í efra loftrými yfir Norður-Atlantshafi. Starfsemin grundvallast á milliríkjasamningi við 24 ríki um þjónustu og fjármögnun sem byggir á endurheimtukerfi kostnaðar (e. cost recovery system). Isavia ANS er með starfsleyfi til þess að sjá um flugleiðsögu og flugumferðarþjónustu á Norður-Atlantshafi fyrir hönd Íslands, og á svæði sem er nefnt íslenska flugstjórnarsvæðið. Alþjóða flugmálastofnunin (ICAO) hefur falið sjö ríkjum að sjá um flugumferðarþjónustu yfir þessu svæði, en auk Íslands eru það Bretland, Kanada, Noregur, Bandaríkin, Danmörk og Portúgal. Rétt rúmlega fjórðungur flugumferðar á leið yfir Norður-Atlantshafið fer í gegnum íslenska flugstjórnarsvæðið. Það hefur nokkra sérstöðu meðal úthafssvæða vegna sveigjanleika, bæði hvað varðar flugleiðir og flughæðir.
Tern Systems sem þróar hugbúnað fyrir flugleiðsöguþjónustu og Suluk sem heldur utan um rekstur flugleiðsöguþjónustu á Grænlandi eru dótturfélög Isavia ANS. Framkvæmdastjóri Isavia ANS er Ásgeir Pálsson.

fríhöfnin
Fríhöfnin hefur verið dótturfélag Isavia frá því í upphafi árs 2005. Hún annast verslun með tollfrjálsan varning á grundvelli rekstrarleyfissamnings við móðurfélagið. Með samningnum hefur Fríhöfnin heimild til að stunda verslunarrekstur á brottfarar- og komusvæði Keflavíkurflugvallar með dæmigerðar fríhafnarvörur, s.s. áfengi, tóbak, sælgæti og snyrtivörur. Framkvæmdastjóri Fríhafnarinnar er Þorgerður Þráinsdóttir.
Fyrir utan ofangreind dótturfélög á Isavia ohf. félagið Domavia. Aðalskrifstofur Isavia eru á Reykjavíkurflugvelli.