Helstu viðskiptavinir flugstjórnarmiðstöðvar Reykjavíkur eru flugfélög og flugrekendur, bæði íslenskir og erlendir.
Icelandair var stærsti viðskiptavinur flugstjórnarmiðstöðvarinnar árið 2018, bæði þegar litið er til fjölda fluga og floginna kílómetra í svæðinu. Flugfélagið United Airlines fylgdi fast á eftir hvað varðar flogna kílómetra í svæðinu.